Museum Kaap Skil hat ein besonderes und beeindruckendes Hauptgebäude. Der mit internationalen Preisen ausgezeichnete Entwurf stammt von Mecanoo Architekten aus Delft. Die vier in Reihe gebauten Spitzdächer gehen in den Rhythmus der Dächer des Dorfes auf, die vom Meer aus gesehen wie Wellen über den Deich hinaus schauen.
Der Giebel ist mit Holzlamellen verkleidet. Diese sind aus gesägten Dammwänden aus Hartholz aus dem Noord-Hollands Kanaal hergestellt. Das Holz hat so, genau wie die angespülten Sammlungsstücke im Museum, ein zweites Leben bekommen.
Innerhalb des Gebäudes ist es überraschend hell. Die Fassade, die von außen recht geschlossen aussieht, sorgt innen für ein herrlich gestreutes Licht.
Im Erdgeschoss sind das Museumscafé und der Museumsladen zu finden. Im Souterrain steht das imposante maritimen Modell von der Reede von Texel. Hinter dem Hauptgebäude befindet sich das Freilichtmuseum mit Fischerhäuschen, der Jutterei und der Getreidemühle. Im Getreidespeicher und den anderen Gebäuden des Museums sind Ausstellungen über unter anderem die Fischerei zu sehen.
