Museum Kaap Skil heeft een bijzonder en indrukwekkend hoofdgebouw. Het met internationale prijzen bekroonde ontwerp is van Mecanoo architecten uit Delft. De vier aaneengeschakelde puntdaken gaan op in het ritme van de dorpse daken die vanaf de zee als golven boven de dijk lijken uit te steken.
De gevel is bekleed met houten lamellen. Deze zijn gemaakt van verzaagde hardhouten damwanden uit het Noord-Hollands Kanaal. Het hout heeft zo, net als de aangespoelde collectiestukken van het museum, een tweede leven gekregen.
Binnen in het gebouw is het verrassend licht. De façade die er van buiten vrij gesloten uitziet, blijkt binnen voor prachtig verstrooid licht te zorgen. Op de begane grond zijn het museumcafé en -winkel te vinden. In de kelder vind je de imposante maquette van de Reede van Texel.
Achter het hoofdgebouw bevindt zich het openluchtmuseum met vissershuisjes, jutterij en graanmolen. In de andere gebouwen van het museum zijn tentoonstellingen over onder meer de visserij te bezichtigen. In het graanpakhuis is een open depot met de meest uiteenlopende onderwatervondsten.
